Node 56
Ancestral DNA sequence:
Probabilities of bases and MPB (most probable base) at each site.
Site	A	C	G	T	MPB	Probability
1	1	0	0	0	A	1
2	0	0	0	1	T	1
3	0	0	1	0	G	1
4	0.01	0.92	0	0.07	C	0.92
5	0.1	0.05	0.71	0.14	G	0.71
6	0.12	0.46	0.12	0.31	C	0.46
7	0.6	0.07	0.26	0.06	A	0.6
8	0	0	0	1	T	1
9	0.2	0.3	0.2	0.3	T	0.3
10	0.06	0.27	0.06	0.62	T	0.62
11	0.02	0.01	0	0.97	T	0.97
12	0.04	0.53	0.04	0.4	C	0.53
13	0.21	0.01	0.77	0.01	G	0.77
14	0.99	0	0.01	0	A	0.99
15	0.11	0.45	0.12	0.32	C	0.45
16	1	0	0	0	A	1
17	0.4	0.08	0.44	0.08	G	0.44
18	0.01	0.66	0.01	0.32	C	0.66
19	0.07	0.44	0.08	0.42	C	0.44
20	0	0	0	1	T	1
21	0.19	0.35	0.18	0.28	C	0.35
22	0.07	0.04	0.66	0.24	G	0.66
23	0.3	0.33	0.18	0.19	C	0.33
24	0.26	0.25	0.25	0.24	A	0.26
25	0.08	0.01	0.9	0.01	G	0.9
26	0.85	0.07	0.04	0.05	A	0.85
27	0.33	0.1	0.44	0.13	G	0.44
28	0	0.01	0	0.99	T	0.99
29	0	0	0	1	T	1
30	0.1	0.37	0.13	0.39	T	0.39
31	0.08	0.54	0.17	0.2	C	0.54
32	0.67	0.03	0.28	0.02	A	0.67
33	0.27	0.22	0.31	0.19	G	0.31
34	0.3	0.18	0.34	0.17	G	0.34
35	0.29	0.22	0.27	0.23	A	0.29
36	0.17	0.38	0.16	0.29	C	0.38
37	0.17	0.34	0.19	0.3	C	0.34
38	0.17	0.08	0.34	0.41	T	0.41
39	0.19	0.31	0.18	0.32	T	0.32
40	0	0.08	0	0.92	T	0.92
41	0	0.01	0	0.99	T	0.99
42	0.19	0.34	0.18	0.29	C	0.34
43	0.2	0.1	0.63	0.08	G	0.63
44	0.18	0.02	0.78	0.02	G	0.78
45	0.21	0.29	0.21	0.3	T	0.3
46	0.29	0.12	0.49	0.11	G	0.49
47	0.41	0.12	0.39	0.08	A	0.41
48	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
49	0.01	0	0.98	0	G	0.98
50	0.47	0	0.52	0.01	G	0.52
51	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
52	0.26	0.48	0.11	0.15	C	0.48
53	0.4	0.01	0.58	0.01	G	0.58
54	0.29	0.21	0.29	0.21	G	0.29
55	0.99	0	0.01	0	A	0.99
56	0.75	0	0.25	0	A	0.75
57	0.56	0.02	0.39	0.02	A	0.56
58	0	0	0	1	T	1
59	0	0	1	0	G	1
60	0	0	1	0	G	1
61	0.17	0.48	0.05	0.29	C	0.48
62	0.27	0.29	0.07	0.37	T	0.37
63	0.26	0.09	0.56	0.09	G	0.56
64	0	1	0	0	C	1
65	0	0	1	0	G	1
66	0.3	0.2	0.31	0.2	G	0.31
67	0.16	0.02	0.01	0.82	T	0.82
68	0.02	0.6	0.22	0.15	C	0.6
69	0.07	0.46	0.07	0.4	C	0.46
70	0.33	0.21	0.28	0.18	A	0.33
71	0.02	0.03	0.17	0.78	T	0.78
72	0.22	0.27	0.23	0.27	T	0.27
73	0	0	1	0	G	1
74	1	0	0	0	A	1
75	0.21	0.01	0.77	0.01	G	0.77
76	0	0	1	0	G	1
77	0	1	0	0	C	1
78	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
79	1	0	0	0	A	1
80	0	0	0	1	T	1
81	0.02	0.58	0.02	0.37	C	0.58
82	0.45	0.05	0.44	0.05	A	0.45
83	0.47	0.06	0.44	0.03	A	0.47
84	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
85	0.92	0	0.07	0	A	0.92
86	1	0	0	0	A	1
87	0.15	0.47	0.15	0.23	C	0.47
88	0.25	0.15	0.4	0.19	G	0.4
89	0	0.49	0.01	0.5	T	0.5
90	0.2	0.31	0.24	0.25	C	0.31
91	0.42	0.12	0.39	0.08	A	0.42
92	0.31	0.28	0.24	0.18	A	0.31
93	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
94	0.02	0.16	0.02	0.8	T	0.8
95	0.21	0.34	0.34	0.1	G	0.34
96	0.2	0.26	0.22	0.32	T	0.32
97	0.19	0.52	0.06	0.23	C	0.52
98	0	0	0	1	T	1
99	0.15	0.48	0.14	0.24	C	0.48
100	0.39	0.2	0.22	0.19	A	0.39
101	0.16	0.51	0.14	0.2	C	0.51
102	0.23	0.26	0.28	0.24	G	0.28
103	0.47	0.13	0.3	0.1	A	0.47
104	0.61	0.11	0.19	0.09	A	0.61
105	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
106	0	0	1	0	G	1
107	0.64	0	0.36	0	A	0.64
108	0.08	0.47	0.07	0.38	C	0.47
109	0.04	0	0.96	0	G	0.96
110	0.01	0.33	0	0.66	T	0.66
111	0.25	0.26	0.25	0.25	C	0.26
112	0.59	0.01	0.39	0.01	A	0.59
113	0.01	0.84	0.02	0.12	C	0.84
114	0.12	0.37	0.14	0.37	T	0.37
115	0	0.03	0	0.97	T	0.97
116	1	0	0	0	A	1
117	0.04	0.47	0.04	0.45	C	0.47
118	0	0	0	1	T	1
119	0	1	0	0	C	1
120	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
121	0.88	0.01	0.1	0.01	A	0.88
122	0	0	0	1	T	1
123	0.21	0.3	0.21	0.28	C	0.3
124	0	0	1	0	G	1
125	0	0	1	0	G	1
126	0.24	0.25	0.26	0.25	G	0.26
127	0	0	1	0	G	1
128	1	0	0	0	A	1
129	0.01	0.17	0.01	0.81	T	0.81
130	0	0.01	0	0.98	T	0.98
131	0	0.99	0	0	C	0.99
132	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
133	0.01	0.91	0	0.08	C	0.91
134	0	0	0	1	T	1
135	0.13	0.16	0.58	0.13	G	0.58
136	0.82	0.01	0.16	0.01	A	0.82
137	0	0.9	0	0.1	C	0.9
138	0.22	0.28	0.22	0.27	C	0.28
139	0	0	0	1	T	1
140	0.97	0	0.01	0.02	A	0.97
141	0.06	0.45	0.06	0.44	C	0.45
142	0	0.88	0	0.12	C	0.88
143	0	0	1	0	G	1
144	0.19	0.31	0.34	0.17	G	0.34
145	0.5	0.09	0.33	0.08	A	0.5
146	0	0.9	0	0.1	C	0.9
147	0.16	0.32	0.17	0.34	T	0.34
148	0.25	0.07	0.62	0.06	G	0.62
149	0.39	0.14	0.33	0.14	A	0.39
150	0.25	0.24	0.25	0.26	T	0.26
151	0.39	0.15	0.34	0.12	A	0.39
152	0.27	0.27	0.28	0.19	G	0.28
153	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
154	0.07	0.01	0.91	0.01	G	0.91
155	0.02	0.8	0.02	0.16	C	0.8
156	0.27	0.23	0.28	0.23	G	0.28
157	0.26	0.23	0.28	0.22	G	0.28
158	0.17	0.39	0.2	0.25	C	0.39
159	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
160	0.26	0.07	0.59	0.08	G	0.59
161	0.38	0.16	0.33	0.13	A	0.38
162	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
163	0.21	0.31	0.22	0.26	C	0.31
164	0.1	0.23	0.09	0.59	T	0.59
165	0.26	0.21	0.31	0.21	G	0.31
166	0.27	0.14	0.46	0.13	G	0.46
167	0.04	0.59	0.04	0.34	C	0.59
168	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
169	0.18	0.02	0.79	0.01	G	0.79
170	0.39	0.23	0.22	0.16	A	0.39
171	0.26	0.23	0.27	0.23	G	0.27
172	0.24	0.07	0.65	0.04	G	0.65
173	0.49	0.08	0.36	0.07	A	0.49
174	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
175	0.18	0.37	0.23	0.22	C	0.37
176	0.36	0.05	0.53	0.06	G	0.53
177	0.32	0.17	0.33	0.18	G	0.33
178	0	0.03	0	0.97	T	0.97
179	0	0	0	1	T	1
180	0.1	0.41	0.1	0.39	C	0.41
181	0.45	0.02	0.51	0.02	G	0.51
182	0.08	0.47	0.07	0.39	C	0.47
183	0.2	0.33	0.2	0.27	C	0.33
184	0	0	1	0	G	1
185	0	0	1	0	G	1
186	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
187	0.2	0.44	0.1	0.26	C	0.44
188	0.48	0.01	0.5	0.01	G	0.5
189	0.26	0.2	0.36	0.18	G	0.36
190	0.04	0.94	0	0.01	C	0.94
191	0	0	1	0	G	1
192	0.18	0.32	0.18	0.32	T	0.32
193	0	1	0	0	C	1
194	0	0	1	0	G	1
195	0.24	0.27	0.25	0.24	C	0.27
196	0	0	0	1	T	1
197	1	0	0	0	A	1
198	0.07	0.44	0.07	0.42	C	0.44
199	0	0.96	0	0.04	C	0.96
200	0.67	0.01	0.02	0.3	A	0.67
201	0.11	0.48	0.1	0.32	C	0.48
202	0.76	0	0.23	0	A	0.76
203	0.02	0.78	0.01	0.19	C	0.78
204	0.26	0.21	0.3	0.23	G	0.3
205	0.03	0	0.96	0	G	0.96
206	0	0	0	1	T	1
207	0.29	0.06	0.59	0.06	G	0.59
208	0.09	0.59	0.13	0.19	C	0.59
209	0	0	0	1	T	1
210	0.17	0.29	0.28	0.27	C	0.29
211	0	0	0	1	T	1
212	0.82	0.16	0.02	0.01	A	0.82
213	0.11	0.36	0.26	0.27	C	0.36
214	0	0.05	0	0.94	T	0.94
215	0.01	0.88	0.01	0.1	C	0.88
216	0.03	0.67	0.07	0.23	C	0.67
217	0.52	0.05	0.4	0.03	A	0.52
218	0	0	0	1	T	1
219	0.26	0.23	0.27	0.23	G	0.27
220	0.17	0	0.83	0	G	0.83
221	0.47	0.08	0.41	0.04	A	0.47
222	0.24	0.36	0.19	0.21	C	0.36
223	0	0	1	0	G	1
224	0	0	1	0	G	1
225	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
226	0.28	0.21	0.33	0.18	G	0.33
227	0.33	0.46	0.09	0.11	C	0.46
228	0.26	0.21	0.3	0.22	G	0.3
229	0.03	0.02	0.94	0.02	G	0.94
230	0.01	0.05	0	0.95	T	0.95
231	0.21	0.34	0.18	0.28	C	0.34
232	0.26	0.09	0.46	0.19	G	0.46
233	0.18	0.46	0.14	0.22	C	0.46
234	0.24	0.26	0.25	0.26	T	0.26
235	0.37	0.01	0.61	0.01	G	0.61
236	0	0	0	1	T	1
237	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
238	0	0	1	0	G	1
239	1	0	0	0	A	1
240	0.2	0.22	0.31	0.27	G	0.31
241	0.37	0.08	0.45	0.1	G	0.45
242	0.01	0.09	0.01	0.89	T	0.89
243	0.23	0.27	0.23	0.28	T	0.28
244	0.01	0.01	0.97	0.01	G	0.97
245	0	1	0	0	C	1
246	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
247	0.25	0.25	0.29	0.21	G	0.29
248	0.35	0.16	0.34	0.15	A	0.35
249	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
250	1	0	0	0	A	1
251	1	0	0	0	A	1
252	0.77	0.01	0.21	0.01	A	0.77
253	0.28	0.21	0.29	0.21	G	0.29
254	0.28	0.23	0.27	0.22	A	0.28
255	0.26	0.23	0.27	0.23	G	0.27
256	0.32	0.13	0.42	0.13	G	0.42
257	0.31	0.22	0.27	0.21	A	0.31
258	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
259	0.03	0.59	0.03	0.36	C	0.59
260	0	0	0	1	T	1
261	0.3	0.19	0.32	0.19	G	0.32
262	0.3	0.18	0.41	0.11	G	0.41
263	0.22	0.29	0.22	0.27	C	0.29
264	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
265	0.23	0.28	0.24	0.25	C	0.28
266	0.07	0.59	0.08	0.27	C	0.59
267	0.26	0.25	0.26	0.24	G	0.26
268	0.06	0	0.94	0	G	0.94
269	0.01	0.24	0.01	0.73	T	0.73
270	0.23	0.27	0.23	0.26	C	0.27
271	0.29	0.1	0.51	0.09	G	0.51
272	0.41	0.13	0.35	0.1	A	0.41
273	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
274	0.18	0.27	0.4	0.15	G	0.4
275	0.06	0.68	0.07	0.2	C	0.68
276	0.19	0.33	0.19	0.29	C	0.33
277	0	0	0	1	T	1
278	1	0	0	0	A	1
279	0.05	0.52	0.05	0.39	C	0.52
280	0.67	0.1	0.15	0.09	A	0.67
281	0.13	0.03	0.82	0.02	G	0.82
282	0.17	0.35	0.18	0.3	C	0.35
283	0	0	1	0	G	1
284	1	0	0	0	A	1
285	0.04	0.51	0.04	0.42	C	0.51
286	0.03	0.57	0.22	0.18	C	0.57
287	0	0.01	0	0.99	T	0.99
288	0.17	0.32	0.15	0.37	T	0.37
289	0.92	0.01	0.03	0.04	A	0.92
290	0	0.99	0	0.01	C	0.99
291	0.19	0.33	0.2	0.28	C	0.33
292	0	0	1	0	G	1
293	1	0	0	0	A	1
294	0.05	0.46	0.05	0.45	C	0.46
295	0	0.98	0	0.01	C	0.98
296	0	0	1	0	G	1
297	0.22	0.28	0.22	0.27	C	0.28
298	0	0	1	0	G	1
299	1	0	0	0	A	1
300	0.6	0.02	0.37	0.02	A	0.6
301	0	0.13	0	0.86	T	0.86
302	0.15	0.33	0.14	0.39	T	0.39
303	0.19	0.31	0.2	0.3	C	0.31
304	0.02	0.22	0.02	0.74	T	0.74
305	0	0	0	1	T	1
306	0.13	0.42	0.13	0.31	C	0.42
307	0.52	0.05	0.37	0.05	A	0.52
308	0.33	0.23	0.25	0.19	A	0.33
309	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
310	0	0	1	0	G	1
311	0	0	1	0	G	1
312	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
313	0.22	0.28	0.22	0.28	T	0.28
314	0.32	0.28	0.24	0.17	A	0.32
315	0.27	0.23	0.27	0.23	G	0.27
316	0	0	0	0	-	0
317	0	0	0	0	-	0
318	0	0	0	0	-	0
319	0	0	1	0	G	1
320	0	0	1	0	G	1
321	0.25	0.25	0.26	0.24	G	0.26
322	0.13	0.03	0.82	0.03	G	0.82
323	0.92	0.01	0.06	0.01	A	0.92
324	0.39	0.06	0.48	0.06	G	0.48
325	0.23	0.45	0.13	0.19	C	0.45
326	0.18	0.35	0.23	0.24	C	0.35
327	0.25	0.25	0.26	0.24	G	0.26
328	0.23	0.16	0.48	0.14	G	0.48
329	0.14	0.27	0.15	0.44	T	0.44
330	0.21	0.29	0.21	0.29	T	0.29
331	0.15	0.45	0.15	0.25	C	0.45
332	0.35	0.13	0.22	0.3	A	0.35
333	0.24	0.26	0.25	0.25	C	0.26
334	0.28	0.2	0.28	0.24	G	0.28
335	0	0	0	1	T	1
336	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
337	0.18	0.37	0.19	0.26	C	0.37
338	0.3	0.25	0.24	0.21	A	0.3
339	0.22	0.28	0.22	0.27	C	0.28
340	0.2	0.04	0.72	0.04	G	0.72
341	0.64	0.13	0.12	0.1	A	0.64
342	0.31	0.26	0.23	0.2	A	0.31
343	0	0	1	0	G	1
344	0	0	1	0	G	1
345	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
346	0.04	0	0.96	0	G	0.96
347	0.09	0.01	0.9	0	G	0.9
348	0.13	0.4	0.14	0.33	C	0.4
349	0.54	0.09	0.31	0.06	A	0.54
350	0	0	0	1	T	1
351	0.22	0.25	0.27	0.26	G	0.27
352	0.04	0.75	0.11	0.1	C	0.75
353	0.02	0.09	0.02	0.87	T	0.87
354	0.26	0.23	0.27	0.23	G	0.27
355	0.95	0.01	0.04	0	A	0.95
356	0	0	0	1	T	1
357	0.04	0.37	0.04	0.55	T	0.55
358	0.04	0	0.95	0	G	0.95
359	0	0.02	0	0.98	T	0.98
360	0.08	0.4	0.09	0.43	T	0.43
361	0	0	1	0	G	1
362	1	0	0	0	A	1
363	0.25	0.26	0.24	0.26	T	0.26
364	1	0	0	0	A	1
365	0.16	0.12	0.06	0.65	T	0.65
366	0.1	0.55	0.11	0.24	C	0.55
367	0.23	0.26	0.25	0.27	T	0.27
368	0.84	0.02	0.13	0.01	A	0.84
369	0.08	0.47	0.08	0.37	C	0.47
370	0.08	0.01	0.9	0.01	G	0.9
371	1	0	0	0	A	1
372	0.37	0.03	0.56	0.03	G	0.56
373	0	0	1	0	G	1
374	0	1	0	0	C	1
375	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
376	0.09	0.11	0.12	0.68	T	0.68
377	0.22	0.27	0.04	0.47	T	0.47
378	0.03	0.56	0.04	0.37	C	0.56
379	0	0.98	0	0.02	C	0.98
380	0.01	0	0.99	0	G	0.99
381	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
382	0.92	0	0.07	0.01	A	0.92
383	0	0	0	1	T	1
384	0.09	0.39	0.08	0.43	T	0.43
385	0.21	0.36	0.18	0.25	C	0.36
386	0.15	0.3	0.14	0.41	T	0.41
387	0.11	0.47	0.12	0.3	C	0.47
388	0.16	0.34	0.3	0.2	C	0.34
389	0.22	0.31	0.41	0.06	G	0.41
390	0.23	0.28	0.23	0.27	C	0.28
391	0.45	0.09	0.38	0.08	A	0.45
392	0.31	0.35	0.24	0.1	C	0.35
393	0.24	0.27	0.23	0.26	C	0.27
394	0.21	0.29	0.22	0.29	T	0.29
395	0.15	0.62	0.08	0.14	C	0.62
396	0.03	0.7	0.03	0.24	C	0.7
397	0.22	0.12	0.55	0.12	G	0.55
398	0.52	0.08	0.31	0.09	A	0.52
399	0.24	0.26	0.24	0.26	T	0.26
400	0	0	1	0	G	1
401	0.01	0.74	0.03	0.22	C	0.74
402	0.26	0.24	0.26	0.24	G	0.26
403	0	0	0	0	-	0
404	0	0	0	0	-	0
405	0	0	0	0	-	0
406	0	0	0	0	-	0
407	0	0	0	0	-	0
408	0	0	0	0	-	0
409	0.26	0.28	0.29	0.18	G	0.29
410	0.26	0.03	0.66	0.04	G	0.66
411	0.3	0.2	0.31	0.19	G	0.31
412	0.06	0	0.94	0	G	0.94
413	0.01	0.09	0	0.9	T	0.9
414	0.35	0.23	0.27	0.14	A	0.35
415	0.13	0.01	0.84	0.01	G	0.84
416	0	0	0	1	T	1
417	0.27	0.15	0.44	0.14	G	0.44
418	0.21	0.31	0.4	0.08	G	0.4
419	0.01	0.01	0.01	0.96	T	0.96
420	0.26	0.09	0.55	0.09	G	0.55
421	0.05	0.73	0.11	0.11	C	0.73
422	0	0	0	1	T	1
423	0.17	0.33	0.19	0.31	C	0.33
424	0.02	0.9	0.01	0.07	C	0.9
425	0.91	0	0.08	0	A	0.91
426	0.18	0.41	0.18	0.23	C	0.41
427	0	0	1	0	G	1
428	0	0	0	1	T	1
429	0.25	0.25	0.25	0.25	T	0.25
430	1	0	0	0	A	1
431	0	1	0	0	C	1
432	0.19	0.33	0.21	0.27	C	0.33
433	0.16	0.01	0.82	0.01	G	0.82
434	0	0	0	1	T	1
435	0.16	0.35	0.17	0.32	C	0.35
436	0	0	1	0	G	1
437	1	0	0	0	A	1
438	0.35	0.01	0.64	0.01	G	0.64
439	0	0	1	0	G	1
440	0.02	0	0.98	0	G	0.98
441	0.13	0.39	0.14	0.34	C	0.39
442	0.18	0.03	0.65	0.13	G	0.65
443	0.03	0.25	0.23	0.49	T	0.49
444	0.08	0.48	0.08	0.36	C	0.48
445	0.92	0	0.07	0.01	A	0.92
446	0.09	0.01	0.9	0	G	0.9
447	0.06	0.57	0.06	0.31	C	0.57
448	0	0.01	0	0.99	T	0.99
449	0	0	0	1	T	1
450	0.01	0.86	0.01	0.11	C	0.86
451	0.02	0.79	0.02	0.17	C	0.79
452	0.04	0.72	0.02	0.22	C	0.72
453	0.23	0.27	0.23	0.27	T	0.27
454	1	0	0	0	A	1
455	1	0	0	0	A	1
456	0.06	0.47	0.06	0.42	C	0.47
457	1	0	0	0	A	1
458	1	0	0	0	A	1
459	0.32	0.01	0.67	0.01	G	0.67
460	0	0	0	1	T	1
461	0.97	0	0.03	0	A	0.97
462	0.99	0	0.01	0	A	0.99


The most probable ancestral DNA sequence is:
ATGCGCATTTTCGACAGCCTCGCAGAGTTTCAGGACCTTTTCGGTGAGGGGCGGAAATGGCTGCGGTCCATTGAGGCTATCAATAACGTCAAGTGTCTCACGAAGGACGTCACTTACTCTATCGGGGATTCTCTGACCTACCGGACTGATAGTGCGGCTGATCTGGCTGAGGATCGGTTCGCCGGTCGGCGTCGCTACCACACGGTGCTCTACTCCATGGACGGTGCGGTCGCTGTTGAGGTTGCTGATAAAGAGGATCTGGCTCCGGTCGATGCCTACAGCGACCTTACCGACCGCGAATTCTTCAATGGTTAG---GGGGAGCCGGTTCACGTTCACGAAGGGGGCATGCTGATTGTTGATATCTACGAGGCTTTCCGTATTCTCCGCACCTCCGATGCG------GGGGTAGTGGTGCTCCACGTTACCGTCGAGGGCGTCAGCTTCCCTAACAAGTAA

The most probable DNA sequence without gaps is:
ATGCGCATTTTCGACAGCCTCGCAGAGTTTCAGGACCTTTTCGGTGAGGGGCGGAAATGGCTGCGGTCCATTGAGGCTATCAATAACGTCAAGTGTCTCACGAAGGACGTCACTTACTCTATCGGGGATTCTCTGACCTACCGGACTGATAGTGCGGCTGATCTGGCTGAGGATCGGTTCGCCGGTCGGCGTCGCTACCACACGGTGCTCTACTCCATGGACGGTGCGGTCGCTGTTGAGGTTGCTGATAAAGAGGATCTGGCTCCGGTCGATGCCTACAGCGACCTTACCGACCGCGAATTCTTCAATGGTTAGGGGGAGCCGGTTCACGTTCACGAAGGGGGCATGCTGATTGTTGATATCTACGAGGCTTTCCGTATTCTCCGCACCTCCGATGCGGGGGTAGTGGTGCTCCACGTTACCGTCGAGGGCGTCAGCTTCCCTAACAAGTAA

The accuracy score for that sequence is 0.628962472406181

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable bases.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 3.32634128716386e-115.
The natural log of that probability is -263.595412706913.

Ancestral Protein Sequence:
Column headings:
MPAA = most probable amino acid, pMPAA = probability of MPAA
MPAA2 = second most probable amino acid, pMPAA2 = probability of MPAA2
Ratio = pMPAA/pMPAA2,  Unreliable means Ratio <1.5

MPAA	pMPAA	MPAA2	pMPAA2	Ratio
M	1	A	0	9999	
R	0.661436	L	0.13244	4.9942313500453	
I	0.48	V	0.26	1.84615384615385	
F	0.559302	L	0.312631	1.78901644430655	
D	0.586971	E	0.175329	3.34782608695652	
S	0.4312	N	0.392	1.1	Unreliable
L	0.5954	F	0.2646	2.25018896447468	
A	0.2178	V	0.1254	1.73684210526316	
E	0.58905	D	0.17595	3.34782608695652	
F	0.7524	L	0.2376	3.16666666666667	
Q	0.209844	R	0.16268	1.28991885910991	Unreliable
G	0.0918	S	0.09167	1.00141813024981	Unreliable
L	0.18491	R	0.136986	1.34984596966113	Unreliable
F	0.573804	L	0.416196	1.37868696479543	Unreliable
G	0.496314	R	0.1443	3.43945945945946	
G	0.1911	R	0.105612	1.80945347119645	
G	0.5096	E	0.239512	2.12765957446809	
R	0.365864	Q	0.11136	3.28541666666667	
K	0.705375	R	0.235125	3	
W	1	A	0	9999	
L	0.265586	P	0.1392	1.90794540229885	
R	1.01	A	0	9999	
S	0.522272	C	0.155144	3.36636930851338	
L	0.225342	V	0.216216	1.04220779220779	Unreliable
E	0.98	D	0.02	49	
A	1	R	0	9999	
I	0.97	M	0.02	48.5	
G	0.1936	N	0.11421	1.69512301900009	
N	0.644	K	0.276	2.33333333333333	
V	0.2	A	0.196	1.02040816326531	Unreliable
T	0.1176	A	0.1092	1.07692307692308	Unreliable
S	0.275944	C	0.15776	1.74913793103448	
L	0.5919	F	0.1656	3.57427536231884	
T	0.200889	S	0.125169	1.60494211825612	
K	0.149084	N	0.137616	1.08333333333333	Unreliable
D	0.544	G	0.36	1.51111111111111	
V	0.639936	A	0.319968	2	
T	0.4956	A	0.3276	1.51282051282051	
Y	0.8924	X	0.0776	11.5	
S	1	A	0	9999	
I	0.6952	M	0.1848	3.76190476190476	
G	1	A	0	9999	
D	0.98	E	0.02	49	
S	0.9702	P	0.0099	98	
L	0.9668	F	0.0232	41.6724137931034	
T	0.73062	A	0.14256	5.125	
Y	0.8633	X	0.117	7.37863247863248	
R	0.8888	C	0.0576	15.4305555555556	
T	0.4455	A	0.29403	1.51515151515151	
G	0.2046	D	0.1209	1.69230769230769	
T	0.1053	G	0.0952	1.10609243697479	Unreliable
A	0.73528	V	0.147056	5	
S	0.11388	A	0.1092	1.04285714285714	Unreliable
G	0.1947	D	0.116584	1.67004048582996	
L	0.268509	V	0.128502	2.08953168044077	
A	0.2714	T	0.1593	1.7037037037037	
A	0.179883	G	0.172062	1.04545454545455	Unreliable
G	0.234	D	0.15925	1.46938775510204	Unreliable
R	0.25811	G	0.1219	2.11739130434783	
F	0.776	L	0.224	3.46428571428571	
A	0.2397	T	0.2115	1.13333333333333	Unreliable
G	1	A	0	9999	
R	0.282	Q	0.130944	2.15359237536657	
R	0.9544	S	0.0256	37.28125	
R	1	A	0	9999	
Y	0.86	X	0.14	6.14285714285714	
H	0.51456	L	0.2934	1.75378323108385	
T	0.5928	A	0.1794	3.30434782608696	
V	0.96	M	0.0177	54.2372881355932	
L	0.6814	V	0.1313	5.18964204112719	
Y	0.5166	X	0.3056	1.69044502617801	
S	0.8272	F	0.0846	9.77777777777778	
V	0.396	I	0.3744	1.05769230769231	Unreliable
G	0.3403	D	0.222357	1.5304217991788	
G	1	A	0	9999	
A	0.150282	T	0.127512	1.17857142857143	Unreliable
V	0.90193	A	0.04747	19	
A	0.213716	T	0.120796	1.76923076923077	
V	0.61	I	0.2775	2.1981981981982	
E	0.51	D	0.49	1.04081632653061	Unreliable
V	0.404505	I	0.256854	1.57484407484407	
A	0.97	P	0.01	97	
R	0.1241	G	0.0986	1.25862068965517	Unreliable
K	0.98	N	0.02	49	
R	0.096201	S	0.082593	1.16475972540046	Unreliable
G	0.1134	A	0.0924	1.22727272727273	Unreliable
L	0.8132	F	0.1368	5.94444444444444	
A	0.1189	V	0.1107	1.07407407407407	Unreliable
P	0.166852	S	0.157991	1.05608547322316	Unreliable
V	0.679338	A	0.223344	3.04166666666667	
G	0.1785	D	0.10455	1.70731707317073	
A	0.272	P	0.1836	1.48148148148148	Unreliable
Y	0.91	X	0.1	9.1	
S	0.35981	R	0.27429	1.31178679499799	Unreliable
D	0.93	E	0.08	11.625	
L	0.626967	V	0.219978	2.85013501350135	
T	0.9108	S	0.0396	23	
D	0.91	E	0.1	9.1	
R	0.9702	C	0.0055	176.4	
E	0.97	D	0.04	24.25	
S	0.2838	F	0.204594	1.38713745271122	Unreliable
F	0.5402	L	0.4102	1.31691857630424	Unreliable
T	0.1196	N	0.092664	1.29068462401796	Unreliable
G	1	A	0	9999	
S	0.102688	R	0.095712	1.07288532263457	Unreliable
	0	-	0	0
G	1	A	0	9999	
E	0.656328	K	0.104052	6.30769230769231	
P	0.1575	L	0.131256	1.19994514536478	Unreliable
V	0.2112	A	0.1296	1.62962962962963	
L	0.17175	R	0.11517	1.49127376921073	Unreliable
L	0.32	V	0.28	1.14285714285714	Unreliable
R	0.10692	L	0.100947	1.05916966328866	Unreliable
E	0.248832	D	0.211968	1.17391304347826	Unreliable
G	1	A	0	9999	
G	0.864	D	0.063072	13.6986301369863	
I	0.3942	V	0.31	1.27161290322581	Unreliable
L	0.692085	V	0.094743	7.3048668503214	
I	0.912	V	0.04	22.8	
V	0.931	I	0.035672	26.0989010989011	
D	0.52	E	0.49	1.06122448979592	Unreliable
I	0.5785	N	0.1264	4.57674050632911	
Y	0.190512	H	0.183456	1.03846153846154	Unreliable
E	0.837	K	0.0744	11.25	
A	1	R	0	9999	
F	0.297228	S	0.186948	1.58989665575454	
R	0.9702	C	0.010296	94.2307692307692	
I	0.8372	M	0.0736	11.375	
L	0.171175	P	0.108	1.5849537037037	
R	0.17097	G	0.12423	1.37623762376238	Unreliable
T	0.1575	A	0.133	1.18421052631579	Unreliable
S	0.195592	P	0.1798	1.08783092324805	Unreliable
G	0.1705	D	0.14872	1.14644970414201	Unreliable
A	0.74	V	0.22	3.36363636363636	
	0	-	0	0
	0	-	0	0
R	0.289476	G	0.1914	1.51241379310345	
V	0.83754	A	0.083754	10	
V	0.84	I	0.0728	11.5384615384615	
V	0.38016	L	0.356832	1.06537530266344	Unreliable
L	0.7696	V	0.11	6.99636363636364	
H	0.52416	Q	0.29484	1.77777777777778	
V	1	A	0	9999	
T	1	A	0	9999	
V	0.82	I	0.1328	6.17469879518072	
E	0.99	D	0.02	49.5	
G	0.98	D	0.0146	67.1232876712329	
V	0.3185	A	0.1625	1.96	
S	0.72874	R	0.09936	7.33433977455717	
F	0.9603	L	0.0297	32.3333333333333	
P	0.5688	L	0.191004	2.97794810579883	
N	0.89	K	0.12	7.41666666666667	
K	0.99	N	0.02	49.5	
X	0.9997	W	0.0003	3332.33333333333	


The most probable ancestral protein sequence is:
MRIFDSLAEFQGLFGGGRKWLRSLEAIGNVTSLTKDVTYSIGDSLTYRTGTASGLAAGRFAGRRRYHTVLYSVGGAVAVEVARKRGLAPVGAYSDLTDRESFTGS-GEPVLLREGGILIVDIYEAFRILRTSGA--RVVVLHVTVEGVSFPNKX

The most probable ancestral protein sequence without gaps is:
MRIFDSLAEFQGLFGGGRKWLRSLEAIGNVTSLTKDVTYSIGDSLTYRTGTASGLAAGRFAGRRRYHTVLYSVGGAVAVEVARKRGLAPVGAYSDLTDRESFTGSGEPVLLREGGILIVDIYEAFRILRTSGARVVVLHVTVEGVSFPNKX

The accuracy score for that sequence is 0.572804781456953

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable amino acids.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 1.56649257181131e-51
The natural log of that probability is -116.983000653199.

